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手把手教你用PyMOL作出蛋白结构图——1.基础篇

2021-02-23 23:35上一篇:北京多点执业人数超2500名放松监管≠完全自由 |下一篇:没有了

本文摘要:当读者在文学上获得高分时,你是否经常会发现像下面这样令人难忘的蛋白质结构图?像这样:这些图都可以用PyMOL来做,那么PyMOL是什么呢?软件命名为Py MOL:“Py”回应说是从计算机语言Python派生出来的,“MOL”回应说是用来表现分子结构的。是由WarrenLyfordDeLano编写,DeLanoScientificLLC商业化的开源代码。 01界面解释关闭PyMOL后,你不会看到右边的界面。

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当读者在文学上获得高分时,你是否经常会发现像下面这样令人难忘的蛋白质结构图?像这样:这些图都可以用PyMOL来做,那么PyMOL是什么呢?软件命名为Py MOL:“Py”回应说是从计算机语言Python派生出来的,“MOL”回应说是用来表现分子结构的。是由WarrenLyfordDeLano编写,DeLanoScientificLLC商业化的开源代码。

01界面解释关闭PyMOL后,你不会看到右边的界面。这个界面分为两个窗口,上面一个叫ExternalGUI窗口,下面一个叫Viewer窗口。查看器窗口分为两部分,左边部分用来显示结构图像(查看器),右边部分是一个InternalGUI窗口(内部GUI)。

查看器本身包含一个命令行(我们可以在左下角看到pymol >提示),可以用来输出PyMOL命令;在InternalGUI的右上角,我们可以看到由不同颜色区分的五个按钮。a、S、H、L、C分别回应五个字:动作、显示、隐藏、标签、颜色。我将在前面的例子中向您展示相应的含义。02基本操作蛋白质文件的基本格式是PDB。

以胸腺嘧啶核苷酸激酶的结构1kim为例,介绍pdb文件是如何显示的。这个文件有三种读取方式:在ExternalGUI中选择文件>自由打开,或者使用命令行:load得到如下图像:这个图像不能准确显示蛋白质的二级结构,我们可以通过下面的路径更准确的显示。Page s > as >漫画,全蛋白以螺旋和拉链的形式出现,但都是绿色的。这时,我们并不觉得我们还没有明确地分开。

我们可以通过以下路径展开颜色区分,C页> Byss > Helixsheetloop,这样就可以展开不同二级结构的着色。(SS为二级结构)文献中看到的蛋白质结构背景色一般为白色,但PyMOL配置文件背景色为黑色。怎么才能把背景色调成白色?可以尝试如下图操作,在ExternalGUI的上窗口菜单显示>背景>白色,得到如下图。

可能会发现图像的构图相当参差不齐,那么如何改变这种现象呢?我们可以尝试用PyMOL的美化程序来扩展形象。如下图所示,操作者,页面右上角的Draw/Ray,可以自由选择Ray,展开图像,并可以根据需要展开和调整图像分辨率,获得美化后的图像(背景为半透明,可以需要PS来展开和进一步编辑图像)。如果电脑过度配备,我们也可以自由选择空闲系统资源少、速度慢的Draw,得到正确的画面。调整后需要对保留的图像进行扩展,一般保留两种形式,一种是PNG图片形式,一种是原始PyMOL格式,以后可以扩展更改。


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